Особенность деятельности Фонда Михаила Прохорова заключается не только в поддержке инициатив организаций и частных лиц, но и в разработке и реализации собственных проектов. Таким образом, Фонд функционирует как творческая лаборатория по созданию новых социокультурных технологий. Данный подход позволяет Фонду работать в приоритетных для него направлениях сразу на нескольких уровнях. Реализуя собственные операциональные проекты, Фонд предлагает инновационные механизмы решения поставленных проблем, привлекает для этого необходимые ресурсы, а также фокусирует внимание общественности на существующих проблемных зонах.